澳门海事博物馆目前设有4个常设展厅——海事民俗展览厅、海事历史展览厅、海事技术展览厅、水族馆。
海事民俗展览厅
本展以澳门及中国南方其他地区的渔民传统与艺术为主题，展出各类船只、渔民服饰、造船厂使用的工具等实物，还介绍了不同的捕鱼艺术，以及渔民的民俗节日。
重点展品是一艘用鲸鱼骨制成的龙舟模型、10艘葡萄牙传统渔船模型、葡萄牙海军风帆训练舰——「萨格雷斯号」（sagres）的模型。
龙舟模型
海事历史展览厅
本展集中展示15-17世纪与葡萄牙和中国有关的海事历史，展品包括地理大发现时期葡萄牙航海使用的船只模型、航海用具；航行于日本和澳门之间的黑船模型、以及描绘当时贸易情景的南蛮屏风等。
古船模型
郑和下西洋模型
澳门及其港口在历史上地位显著，这是展览的另一重点主题。主要展品是一座复原了17世纪澳门地理全貌的模型，展现了澳门的港口、城墙、炮台。此处还展示了一些考古发现的沉船残件，如系绳器、滑车、炮架轮。
海事技术展览厅
本展主要展出有关航海技术、海上交通、疏浚工程的展品，包括18-20世纪的航海仪器——八分象限仪、望远镜、尺、罗盘、六分象限仪；以及东望洋灯塔模型，这是中国沿海的第一座灯塔。
东望洋灯塔模型
为了生动介绍有关潮汐、风向和水深等知识，展厅设有潮位自记仪和探测仪等模拟设备。参观者还可以通过手动操作系统，在代表北半球的天空模型中寻找不同的星宿，体会观星对航海的重要性。
水族馆
本展以不同背景的水族箱模拟河床、海港、珊瑚礁和深海，参观者可以欣赏到四种环境里的鱼类。此外，馆内还有一处介绍软体动物学的展区，呈现来自世界各地的贝壳。
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