石林石得利地质博物馆常设展分为8个主题展区，从不同角度介绍石林的形成机理、喀斯特地貌类型、地球生命演化发展、地球物质组成及资源利用、地球地质作用现象、生态环境的多样性、中生代古海奇观等地球科学知识。
「喀斯特地貌专题展区」
喀斯特地貌及岩溶地貌是发育在以石灰岩和白云岩为主的碳酸盐岩上的地貌。本展区以云南石林为例介绍地表喀斯特景观，同时展出巨型洞底钙华板、石钟乳、石笋、石柱等地下洞穴石。
巨型边石坝钙华板集合体「锦绣中华」
「地球生物史专题展区」
本展区展出超过1000件原生生物、植物、动物化石，包括三叠纪海百合化石、侏罗纪古蚊子化石、三叶虫、恐龙、猛犸象等，呈现地球生命亿万年来的发展演化历程。
鹦鹉螺
狼鳍鱼
「地壳物质组成及资源专题展区」
本展区共展出近1000件矿物、矿石、岩石藏品，包含多件重达8-18吨的大型展品，如宝石级闪锌矿、含金黄铁矿-黄铜矿、碳酸锶矿、方解石、萤石、方铅矿、毒砂等。
卤化物——紫色萤石晶簇
「宝玉石彩石专题展区」
本展区展出馆藏玉石——翡翠、和田玉、鸡血石、黄龙玉、桂林鸡血玉、青金石、虎眼石等，并展示了拉长石、萤石、冰洲石、蛇纹石、大理石、玉髓、玛瑙、碧玉等彩石品种。
灰玛瑙雕刻「连年有余」
「地质作用现象专题展区」
本展区通过对各种地质现象的展示和观察分析，重塑远古时期地球环境形成的复杂过程，展品呈现了由内外力作用形成的褶皱、断裂、火山弹、条带状构造、球状风化等。
沉积作用产物——模树石
「观赏石文化专题展区」
本展区通过展出各类自然形成且具有观赏价值的岩石，介绍观赏石的四大要素——色泽、质地、造型和纹路，重点展品是由玛瑙、玉髓、碧玉、石英、化石、钟乳石，内蒙古戈壁石等216块石头组成的「满汉全席奇石宴」。
「名木乌木专题展区」
展厅中陈列了上百件珍稀树种制成的工艺品，包括花梨、黄金樟、柚木、黄杨、金丝楠木、榉木、云杉、黄连木、乌木等。
「三叠纪古海奇观展区」
本展区展现了二叠纪末期世界上90%以上的海洋物种灭绝以后，三叠纪海洋生态系统复苏的景观，展品包括海生爬行动物（鳍龙类、海龙类、鱼龙类、长颈龙类），以及鱼类、海百合、菊石等生物化石。
短吻贫齿龙化石
猛犸象骨架
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